Naturvetenskapliga fakultetens miljöledningssystem certifierades enligt ISO 14001 i november 2005. Det innebär att fakulteten arbetar med miljöfrågorna på ett strukturerat och långsiktigt sätt och att ständigt följer upp miljöarbetet.
Varje år genomförs både intern och extern miljörevision av verksamheten. Fakultetens 16 miljösamordnare som bildar Miljörådet driver miljöarbetet ute på institutionerna. Miljörådet lämnar också förslag på nya miljömål och sätter upp handlingsplaner för det egna miljöarbetet.