För att bistå kvalitetsarbetet på institutionerna, beslutade fakulteten 2008 att införa institutionsauditer. Syftet är att stimulera en systematisk dokumentation som underlättar utveckling och uppföljning av kärnverksamheterna, och att se till att goda exempel på väl fungerande rutiner för sådan kvalitetssäkring sprids inom fakulteten.
Att genomföra en audit är ett sätt att bedriva kvalitetsarbete. Institutionerna kvalitetssäkrar sina verksamheter, i olika grad och på olika sätt. De institutioner som i dag utgör Institutionen för kemi och molekylärbiologi har tidigare auditerats - Institutionen för kemi 2008 och Institutionen för cell- och molkylärbiologi hösten 2009.